4 gün gözaltına tutulan Alp, tutuklanarak cezaevine gönderildi.  Gözaltında fiziki ve psikolojik işkence gördüğü yönünde rapor alan Alp, 6 yıl 7 ay tutuklu kaldıktan sonra tutuksuz yargılanmak üzere Kasım 2005'de serbest bırakıldı.  Alp'in Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'nde açtığı davada da Türkiye uzun tutukluluk süresi nedeniyle mahkum edilmişti.  Davaya bakan İstanbul 9. Ağır Ceza Mahkemesi Bülent Alp hakkında örgüt üyesi olmak ve örgüt adına eylemlerde bulunmak suçlamasıyla müebbet hapis cezası verirken, aynı davada yargılanan dört sanık hakkında ise örgüt üyeliği suçlamasıyla hapis cezaları verildi.

Bu karara itiraz eden Alp ve diğer dört sanık hakkındaki cezalar, Yargıtay tarafından da Şubat 2010'da onaylandı.  Alp, Yargıtay'ın bu kararı ardından Mart 2010'da Kıbrıs'a giderek sığınma talebinde bulundu. Ancak Ocak 2012'de sığınma talebi Kıbrıs Mülteciler Dairesi tarafından reddedildi. Alp, ret kararının hukuki olmadığı ve BM Mülteciler Yasası'na uygun olmadığını söyleyerek itirazda bulundu.

İtiraza olumlu cevap gelmedi. İtiraz dairesi, 8 Temmuz günü kararını Alp'e bildirdi. Adresine gönderilen mektupta, 75 gün içinde ülkeyi terk etmesi gerektiği yazılıyordu.

Alp, "Kıbrıs hükümeti Kürt mültecilerin dosyalarına politik çıkarlar temelinde yaklaşıyor, bunun neticesinde bir çok kişiye negatif sonuçlar veriyor" tepkisinde bulundu. Kendisiyle aynı sebeplerden ötürü iltica eden bir çok kişinin ciddi anlamda mağdur edildiğini savunan Alp, "Mülteci olmak kimsenin tercihi değildi. Ülkemizde maruz kaldığımız ötekileştirme ve bir çok hukuksuzluk ardından burada yıllarca kaderimize terk edilmek ve ardından dönüşe zorlanmak psikolojik olarak kimsenin anlayamayacağı kadar zorlamaktadır" diye belirtti.

Daha önce Türkiye'de 8 yıl hapis cezası bulunan Mustafa Karalok isimli Kürt siyasi sığınmacı da Kıbrıs makamları tarafından sınırdışı edilmişti. İki hafta önce Türkiye'ye dönmek zorunda kalan Karalok, yakalanıp cezası infaz edilmek üzere cezaevinde gönderilmişti.